В краевой клинической больнице проктология была частью общей хирургии. Первые специализированные койки появились в отделении гнойной хирургии в начале 1960-х годов.

С 1968 года по 1970 год отделением заведовал врач – хирург Удлер С.Е., а в ноябре 1970 года на заведование отделением был назначен Федор Моисеевич Кригер, который занимался этой работой до средины 90-х годов.

До создания узкоспециализированного отделения проводились операции на анакопчиковой области: геморрой, свищи, парапоктиты, толстокишечная непроходимость, ранения прямой кишки. Онкология толстого кишечника и прямой кишки оперировалась редко.

Отделение гнойной хирургии располагалось на первом этаже единственного корпуса больницы. Для того времени отделение гнойной хирургии было хорошо оснащено: имелись отдельные боксированные палаты для специального лечения тяжело больных, оказывалась хирургическая помощь на высоком уровне, проктологической группе больных выполнялись как промежностные, так и полостные операции. 

После введения в строй нового хирургического корпуса в 1989 году произошло разделение двух хирургических профилей на колопроктологию и гнойную хирургию.

Согласно приказу Министерства здравоохранения СССР от 02.03.1989 года «О мерах по дальнейшему развитию и совершенствованию проктологической помощи населению страны» в 1991 году в краевой клинической больнице было создано отделение проктологии, рассчитанное на лечение 30 больных. Отделение организовывали Николай Васильевич Наумов и Николай Владимирович Рункелов.

С 1991 по 1996 год заведующим был Николай Наумов, д.м.н., профессор, который и после 1996 года оставался научным руководителем и куратором отделения.

С 1996 по 2001 год заведовал отделением колопроктологии к.м.н. Николай Владимирович Рункелов.

В ноябре 2001 года на должности заведующего был приглашен Игорь Васильевич Литвинов, который до этого возглавлял отделение проктологии и гнойной хирургической инфекции в Дорожной больнице ст. Красноярск. Команда колопроктологов краевой больницы формировалась в начале 2000-х, некоторые из врачей работают в отделении до сегодняшних дней.

Старшей сестрой отделения с 1983 года была Нина Ивановна Курсинова.  С 2014 года старшей медицинской сестрой работает Любовь Геннадьевна Полухина.

С ноября 2018 года отделение возглавляет врач-хирург Виталий Георгиевич Самсонюк.

Работа врачей отделения востребована в Красноярском крае - около 35 % взрослого населения страдает различной патологией по профилю колопроктология. Количество пролечиваемых в год пациентов в начале 1990-х годов было 600 человек. В 2016 году достигало тысячи пациентов. За четверть века среднее время пребывания пациента на койке снизилось с 16 до 7 суток. Это происходило за счет изменения структуры заболеваний: количество операций на анакопчиковой зоне сократилось с 80 до 60 %, а полостных операций выросло с 20 до 40%.

Отделение было оснащено лапароскопической стойкой, аппаратом Liga Sure. С помощью малоинвазивных технологий стали производиться органосохраняюшие операции – гемиколоноэктомия, резекция опухолей прямой и толстой кишки, закрытие колостомы. Особом направлением является реконструктивно-восстановительные операции, а именно закрытие колостомы. Сегодня отделение пролечивает в год около 900 пациентов.

На базе отделения совместно с кафедрой хирургии КрасГМУ проводится профессиональная переподготовка врачей-колопроктологов всего Красноярского края.