Больничная аптека была открыта в хирургическом корпусе городской больницы 13 марта 1940 года. Она разместилась на первом этаже и занимала три комнаты. Фармацевты занимались приобретением, хранением, отпуском в отделения больницы медицинского инструментария, перевязочного материала, медикаментов.

Руководила аптекой Александра Александровна Халутина. Фармацевтом работала Нюхалова, которая в числе 58 сотрудников хирургического корпуса ушла на фронт в первые дни войны.

В 40-е годы большая часть лекарств изготавливалось экстемпорально, то есть, на месте - по рецепту врача. Перечень медицинских изделий и препаратов был небогат: перевязочные материалы, этиловый спирт, новокаин, гексенал, эфир для наркоза, опиаты, стрептоцид, аспирин, хинин, панкреатин, пурген, салол, настойка валерианы. Флаконы с лекарствами стерилизовали текучим паром в алюминиевых баках - «выварках».

Хирургический корпус в 1941 году был переоборудован в тыловой военный госпиталь.  С началом войны наступил дефицит лекарств и медицинских изделий. Документы снабжения 1942 года свидетельствуют, что даже войска Центрального фронта обеспечивались основными медикаментами и медицинским имуществом лишь на 50-80%. Ситуация в тыловых госпиталях была еще хуже. Хирурги оперировали без перчаток, санитарки и медсестры стирали окровавленные бинты для повторного использования. В аптеке критическое положение было даже со вспомогательными материалами. Не хватало тары для растворов, порошки фасовали в газетную бумагу.

В эвакогоспиталях Красноярска для пациентов готовились настои и экстракты с высоким содержанием витаминов из местного сырья: шиповника, хвои сосны, пихты. Красноярская химфармлаборатория наладила выпуск целого ряда препаратов: эфир наркозный, нитроглицерин, нашатырный спирт, нашатырно-анисовые таблетки, хлористый кальций, витаминные чаи и настои и т.п.

По воспоминаниям первой заведующей аптекой ККБ Александры Халутиной, фармацевты зимой возили в больницу фармакопейные жидкости для изготовления растворов через Енисей, укутывая баллоны от мороза.

Только к ноябрю 1944 года была полностью решена проблема обеспечения Красной Армии, а немного позже и тыла, лекарствами. Рост объемов производства советской фармацевтической промышленности к 1944 году достиг 96% от довоенных объемов.

К концу войны в краевой клинической больнице работала производственная аптека. В функционал аптеки входило: заказ и прием товаров, хранение, изготовление экстемпоральных лекарств, передача изготовленных лекарств врачам.

В послевоенное время, во второй половине 40-х годов аптечное дело в стране быстро менялось. Выпуск лекарственных средств в СССР к 1951 году увеличился в два раза по сравнению с 1945 годом. Закончился период жесткой экономии перевязочных средств и лекарственных препаратов. Началась эра антибиотиков. В больницы стал поступать пенициллин и другие препараты, которые требовали специфического хранения и учета. Часть процессов при фасовке и хранении лекарственных средств стала механизироваться. В аптеке появились ложечки-дозаторы, марлемоталки, разливные машины, холодильники, специальная мебель, автоклавы – все это облегчало трудоемкие процессы.

Естественно, развитие аптеки напрямую зависело от расширения краевой больницы. Открытие новых отделений, строительство поликлинического корпуса привело к увеличению объемов, ассортимента используемых лекарственных средств, перевязочного материала, изделий медицинского назначения.

В 1965 году аптека краевой клинической больницы переехала на первый этаж поликлиники и заняла шесть комнат и «материальные» помещения в подвальном помещении. Производственные возможности и увеличение количества клинических отделений привело к значительному увеличению ассортимента изготавливаемых лекарственных форм.

В день аптека краевой больницы изготавливала и фасовала до 15 тысяч порошков, до 100 кг мазей и линиментов, фасовка ампул заводского производства в упаковки по 5 и 10 штук  достигала до 500 упаковок, не считая изготовления различных растворов для внутреннего и наружного применения. Так как в больнице кроме взрослых работали и детские отделения, была потребность в детских дозировках медикаментов. Весь объем выполнял коллектив в количестве 12 человек.

В 1982 году руководителем аптеки стала Екатерина Петровна Комарова.  

Была произведена реконструкция. Производственные мощности пополнились новым современным оборудованием и специальной аптечной мебелью.

Увеличение количества хирургических отделений привело к росту изготовления стерильных лекарственных форм до 1000 флаконов в день, экстемпоральных до 400 условных единиц. Ассортимент медикаментов и медицинских изделий достиг 600 наименований.

В 1983 году больничная аптека была переведена в подчинение краевого аптечного управления с присвоением номера 340. В 1993 году аптека вновь становится подразделением ККБ и в ней начинается капитальный ремонт.

В 1985 году аптеку возглавила Юлия Харитоновна Яковлева.

В 1995 год после завершения капитального ремонта аптека заняла два этажа правого крыла здания поликлиники. На первом этаже на площади 460 квадратных метров оборудован рецептурно-производственный отдел с комплексом асептического блока, ассистентской и материальными комнатами, приемно-экспедиционным отделом. На втором этаже, на 440 квадратных метрах разместились материальные комнаты для хранения готовых лекарств, этилового спирта, перевязочных и наркотических лекарственных средств. Объем стерильных лекарственных форм был увеличен до 1600 флаконов в день, а экстемпоральных – до 1000 условных единиц, что позволило более полно обеспечить отделения.

В 1998 году началась работа по внедрению компьютерного учета готовых лекарственных средств.

В 1998 году товарооборот аптеки ККБ составлял 29 миллионов рублей. А в 2002 году – уже 49 миллионов рублей с ассортиментом 2500 наименований. В штате аптеки работали 7 провизоров, 15 фармацевтов, 4 фасовщика, 5 санитарок.

Несмотря на то, что лекарственные средства промышленного производства занимали все большую часть в потребностях отделений, в аптеке краевой клинической больницы увеличивался объем собственного производства. К 2012 году ежегодно изготавливались 85 тысяч флаконов стерильных лекарственных средств, 1570 флаконов лекарств для внутреннего употребления, 800 банок различных мазей. В 2020 году было изготовлено 106 124 штук лекарственных форм и упаковок.

В 2018 году заведующей аптекой назначена Елена Вячеславовна Попова.

Современные медицинские и фармацевтические технологии изменили структуру товарных запасов: в аптеке стало значительно больше высокотехнологичных медицинских изделий, в том числе имплантируемых в организм человека. Стали активно использоваться IT-технологии для адресного хранения товаров, персонифицированного учета лекарств и медизделий, для доставки товаров до отделений.

В 2020 году аптека внедрил систему Федеральной информационной системы мониторинга движения лекарственных средств. Настройка новой системы пришлась на пик эпидемии COVID-19, когда в больницу поступали большие партии лекарственных препаратов для пациентов с коронавирусной инфекцией. Сотрудникам аптеки приходилось сканировать каждую единицу препаратов, а их количество измерялось тысячами, в том числе флаконы инфузионных растворов весом до пяти килограммов. Фармацевтам помогал отдел информационных технологий, оперативно корректируя и настраивая систему. Также аптека ККБ стала центром компетенции среди больничных аптек по этому вопросу – координационным органом, оказывающим методическую и консультационную помощь коллегам по внедрению данной системы.

Изменилась организационная структура аптеки. Появилось три отдела: рецептурно-производственный, отдел запасов лекарственных препаратов и отдел по работе с медицинскими изделиями. Регламентированы все процессы, которые влияют на качество и безопасность в соответствии с требованиями Практических рекомендаций Росздравнадзора.

Сегодня аптека занимает более 1100 квадратных метров. В штате работает 41 сотрудник, в том числе 25 – фармацевтических специальностей. В местах хранения лекарств и медицинских изделий действует электронный мониторинг параметров температурного режима. Аптека ККБ является площадкой демонстрации практического опыта по внедрению принципов системы менеджмента качества в организации аптечной службы, ее сотрудники делятся своим свой опытом с медицинскими организациям края и страны - посещение аптеки входит в программу мастер-классов  и стажировок Центра компетенций ККБ.