Отделение организовано в 1962 году по инициативе заведующего кафедрой госпитальной хирургии КГМИ Ильи Исакова и главного терапевта Красноярского края Марии Шпатаковской, которая возглавляла 40-коечное гастроэнтерологическое отделение с 1962 по 1982 год.

Параллельно с отделением в больнице начала работать специализированная лаборатория для исследования желудочного сока, кабинет дуоденального зондирования, а в поликлинике - кабинет гастроэнтеролога.

В числе первых врачей отделения были М.Ф. Смолик, В.Ф. Оленева, Г.В. Гребенщикова, П.В. Сущих, Э.Н. Коврова. Медицинские сестры Н.Д. Брюханова, О.В. Левшина, Г.В. Малофеева.

С 1986 по 2006 год отделением заведовала Любовь Ивановна Сураева, которая пришла работать в отделение в 1974 году после интернатуры.

В среднем за год в отделении проходили лечение примерно 600 пациентов с различной патологией органов пищеварения, средний койко-день составлял 17-20 дней.

По словам ветерана гастроэнтерологического отделения Натальи Брудской, в 1970-80-е годы доктора имели дело в основном с язвенной болезнью желудка и двенадцатиперстной кишки, хроническими гепатитами и циррозами печени. При этом ничего не было известно о бактерии Helicobacter pylori, вызывающей воспалительные явления в агрессивной среде желудка, не определяли РНК и ДНК вирусов гепатитов, маркеры аутоиммунных гепатитов.

Спектр препаратов в те годы был крайне ограничен. Для лечения язв применялись солкосерил, облепиховое масло, в ограниченном количестве появились Н2-гистаминоблокаторы.

Сегодня же язвенная болезнь лечится преимущественно амбулаторно, и только в случае осложнений пациенты госпитализируются. К услугам врачей весь спектр необходимых исследований: колоноскопия, томография, ФГСД, капсульная эндоскопия.

Эндоскопия и УЗИ стали внедряться в отделении с конца 80-х годов. Врачам стала доступна для исследования поджелудочная железа, стали проводится биопсия, малоинвазивные операции – рассечение стриктур желчевыводящих путей, эмболизация селезеночной и печеночной артерий, пункционная биопсия печени под контролем УЗИ.

С февраля 2006 года гастроэнтерологическое отделение возглавила кандидат медицинских наук Марина Витальевна Песегова. В эти годы на базе отделения начали проводится многоцентровые международные клинические исследования для пациентов с патологией печени и ВЗК – язвенным колитом и болезнью Крона различной локализации.

В 2009 году на базе отделения создан центр антицитокиновой терапии, применяемой при воспалительных заболеваниях кишечника.

С 2021 года на базе отделения за счет средств ОМС проходят лечение генно-инженерными препаратами больные с ВЗК. Совместно с краевым министерством здравоохранения начата работа по созданию единого краевого регистра пациентов с такими заболеваниями.